きのこの実験室,
ウシグソヒトヨタケのトランスクリプトーム解析の論文紹介も今日で最後のまとめです。 この論文では、菌糸体と子実体原基の2サンプル間でのトランスクリプトーム解析を行い、バイオインフォマティクスの手法で子実体形成に向かうために必要な遺伝子群について考察しています…
きのこの実験室,
ウシグソヒトヨタケトランスクリプトーム解析の論文紹介も、内容の紹介は今日で最後です。 解析の最後では、どのドメインを持ったタンパク質が多かったかという解析を進めています（protein domain enrichment)。 その結果、Mycでは、RNA…
きのこの実験室,
今日もウシグソヒトヨタケトランスクリプトーム解析の論文紹介の続きです。 シグナル伝達経路につづいて、KEGGによるパスウェイ解析を進めています。 S1-PriのDEG270個のうち、38%がKEGGのパスウェイ上にマップできました。多いものとして、oxi…
きのこの実験室,
今日もウシグソヒトヨタケトランスクリプトーム解析の論文紹介の続きです。 シグナル伝達経路も子実体形成には重要な役割を果たすだろうということで、子実体と菌糸体での発現量の比較を行っています。 まずは、栄養枯渇のシグナル伝達に関わると考えられるcAMP関連タ…