Introducing difference recurrence relations for faster semi-global alignment of long sequences

@cakkby これは生物情報4期生の鈴木さんが書いた論文(https://t.co/mZyXjFLoDP)で、世界最高速のアライメントソフトウェア(の一部)に関する論文ですが、SIMD命令をフルに活用するためのアルゴリズムの提案や、分岐予測(というアーキテクチャの仕組み)を活用したコードの書き方などについて記されています

@daniel_c0deb0t @pierre_marijon Read the bwa source code. So many nice bit twiddling tricks there. And see all the vectorized smith watermark tricks in minimap2 and other long read aligner. So much fun stuff. https://t.co/z0g9etMtfR

@daniel_c0deb0t @lh3lh3 @ocxtal @BenLangmead Yes, Ben's implementation is awesome! The cool thing about @ocxtal's implementation is the way it rearranges the recurrence to maximize the potential for vectorization : see e.g. https://t.co/kWqsAEzFjb

RT @lh3lh3: The Suzuki-Kasahara base-level alignment algorithm (by @ocxtal and @mkasahara; used in minialign and minimap2) is published: ht…